Hauptcharakter ist der Teenager Kevin Keene, der in sein NES (Nintendo Entertainment System) gesaugt wird und von da an als Captain N gemeinsam mit zu dieser Zeit bekannten Nintendofiguren wie Link und Zelda aus der The Legend of Zelda-Serie, Donkey Kong, Samus Aran, Pit und der Eggplant Wizard aus Kid Icarus oder Mega Man Abenteuer erlebt. Oberschurke ist meist das aus Metroid bekannte Mother Brain.
Mit Hilfe seines aus der realen Welt mitgebrachten NES-Gamepads kann Captain N die Zeit anhalten (Pause-Taste) oder extrem hoch springen. Seine Lichtpistole ist innerhalb der Welt eine übermächtige Waffe.
